2014年6月1日开业，由复旦大学与厦门市人民政府合作共建，是三级甲等儿童专科医院，加挂"复旦大学附属儿科医院厦门医院"牌子，实行"复旦儿科"同质化管理。

是厦门市医保定点医院、国家儿童区域医疗中心（华东）厦门分中心、福建省新生儿救护网络成员单位、厦门市危重新生儿救治中心，编制床位500张（开放约450张）。

主院区位于福建省厦门市湖里区宜宾路92—98号，占地约4.3万平方米，建筑面积约7.8万平方米。

承担厦门及闽西南地区儿童疑难重症救治、突发公卫事件儿科应急及基层儿科技术指导职能。

设临床科室30余个、医技科室10个，涵盖新生儿科（NICU）、儿内科（呼吸、消化、神经、心血管、肾脏、内分泌、血液）、儿外科（普外、骨科、泌尿、心胸）、儿童保健科、康复科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、急诊科（PICU）等。

年门急诊量约130万人次，年出院约2.8万人次，年手术量约5000例次。

配备1.5T核磁共振、64排CT、DSA、四维彩超、新生儿转运系统、ECMO、高频振荡呼吸机、全自动生化流水线及层流净化病房。

与复旦大学附属儿科医院（上海总部）实行远程会诊、绿色转诊及专家常态化来厦坐诊手术机制。

厦门市重点专科：新生儿科（NICU）、儿内科（呼吸/消化/神经）、儿外科（普外/泌尿）。

特色诊疗中心：危重新生儿救治中心、儿童呼吸疾病诊疗中心、儿童消化内镜中心、儿童神经康复中心、儿童保健与发育行为中心。

特色技术：新生儿体外膜肺氧合（ECMO）支持、早产儿视网膜病变（ROP）筛查与治疗、儿童支气管镜/胃肠镜诊疗、小儿腹腔镜/输尿管镜微创手术、发育行为（孤独症/ADHD）早期筛查与干预。

据医院官方简介所载：全院职工约1100人，其中卫生专业技术人员约920人（医生约300人、护士约480人、医技约140人），高级职称约130人，博士生导师3人、硕士生导师15人，硕士及以上学历人员占比约30%。

官方资料未提供可单独引用的全院医生及护士具体人数，故不列相关数据。

黄国英（上海复旦儿科医院院长）：心血管中心主任医师、博导，擅长小儿先心病诊断与介入治疗，指导厦门院区先心专科学科建设。

桂永浩（上海总部）：主任医师、博导，擅长小儿心血管及川崎病诊治，参与厦门院区学术指导。

徐秀（上海总部）：儿童保健科主任、博导，擅长儿童发育行为、孤独症谱系障碍及早期干预，指导厦门院区儿保科建设。

王艺（上海总部）：神经内科主任医师、博导，擅长小儿癫痫、脑瘫及神经遗传病诊治，定期来厦坐诊。

郑珊（上海总部）：普外科主任医师、博导，擅长小儿先天畸形、消化道畸形及腹腔镜手术，指导厦门院区儿外科学科建设。

周文浩（厦门院区执行院长）：新生儿科主任医师、博导，擅长早产儿管理、新生儿危重症及NICU质量改进。

林新祝：新生儿科主任、主任医师，擅长极低出生体重儿、新生儿呼吸窘迫综合征及新生儿转运救治。

陈競芳：儿内科主任、主任医师，擅长儿童喘息性疾病、慢性咳嗽及儿童支气管镜诊治。

李晶：消化科主任、主任医师，擅长小儿胃肠病、肝胆疾病及儿童消化内镜（ESD/ERCP）。

张恒言：儿外科主任、主任医师，擅长小儿泌尿外科（尿道下裂、肾积水）及腹腔镜微创手术。

三甲儿童专科医院：2014年6月1日开业，经复旦大学附属儿科医院同质化建设，成为福建省重要的三级甲等儿童专科医院。

复旦儿科同质化运行：挂牌"复旦大学附属儿科医院厦门医院"，上海总部专家常态化来厦坐诊、手术、查房，建立"上海—厦门"远程会诊与双向转诊绿色通道。

危重新生儿救治：NICU配备ECMO、高频振荡呼吸机及新生儿转运系统，成功救治多例出生体重<1000g的超低出生体重儿，建立"基层首诊—远程会诊—绿色转运"体系。

国家儿童区域医疗中心分中心：获批国家儿童区域医疗中心（华东）厦门分中心，牵头闽西南儿科协作网，推动检查结果互认与基层儿科能力提升。

教学与科研：作为厦门大学、福建医科大学教学医院，承担本科、硕士、博士及住培任务；近五年承担省部级课题20余项，发表SCI论文百余篇。

荣誉表彰：先后获"厦门市文明单位""福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体""全国改善医疗服务示范医院""厦门市五一劳动奖状"等荣誉。