始建于1947年，前身是1947年创建的福州市中医联合诊所，1958年正式组建为福州市中医院，2012年通过评审成为三级甲等中医医院，是福州市属唯一的三级甲等中医医院，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体。

是福建中医药大学附属福州市中医院、国家中医住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构（GCP）、福州市中医药适宜技术推广基地。

一院两区：鼓楼院区（鼓楼区鼓东路102号，主院区）、五四北院区（晋安区五四北片区，2024年开诊）；鼓楼院区占地约1.5万平方米，建筑面积约3.8万平方米；五四北院区占地约5.1万平方米，建筑面积约10.6万平方米，编制床位600张，两区合计开放床位约1000张。

设临床科室30余个、医技科室10余个，涵盖内科、外科、妇科、儿科、针灸科、推拿科、骨伤科、眼科、耳鼻喉科、皮肤科、肛肠科、肿瘤科、急诊科、重症医学科（ICU）、康复科、治未病中心等。

年门急诊量约120万人次，年出院约2.5万人次，年手术量约5000例次。

配备3.0T核磁共振、64排CT、DR、彩超、全自动生化流水线及中医特色诊疗设备（艾灸、拔罐、中药熏蒸、经络检测仪等）。

开展中西医结合诊疗，设有国家中医药管理局重点专科妇科、福建省中医重点专科脾胃病科等，并承担区域中医药适宜技术推广任务。

国家中医药管理局重点专科：妇科、脾胃病科、针灸科、护理学。

福建省中医重点专科：儿科、肛肠科、骨伤科、心病科、肺病科、内分泌科、肿瘤科、康复科。

特色诊疗中心：妇科（不孕不育、月经不调、更年期综合征）、脾胃病科（慢性萎缩性胃炎、溃疡性结肠炎）、针灸科（中风后遗症、面瘫、颈肩腰腿痛）、治未病中心（体质辨识与亚健康调理）、中西医结合肿瘤科。

特色技术：中药内服外用结合针灸、推拿治疗妇科病、脾胃病、骨关节病；冬病夏治穴位贴敷；中药离子导入；中医正骨手法；中医护理技术（耳穴压豆、穴位贴敷、中药灌肠）。

据医院官方简介所载：全院职工约1300人，其中卫生专业技术人员约1100人（医生约350人、护士约550人、医技约200人），高级职称约150人，博士生导师5人、硕士生导师25人，享受国务院政府特殊津贴专家2人，全国名老中医学术经验继承指导老师6人。

官方资料未提供可单独引用的全院医生及护士具体人数，故不列相关数据。

郑立升：主任医师、教授、博导，脾胃病科专家，擅长慢性萎缩性胃炎、消化性溃疡、溃疡性结肠炎及功能性胃肠病诊治。

杨晓云：妇科主任、主任医师、博导，擅长月经不调、多囊卵巢综合征、不孕症及妇科肿瘤术后调理。

林道忠：针灸科主任、主任医师，擅长针灸治疗中风偏瘫、面瘫、颈肩腰腿痛及针灸美容。

陈乃杰：儿科主任、主任医师，擅长小儿哮喘、反复呼吸道感染、腺样体肥大及小儿脾胃病诊治。

林永鸿：骨伤科主任、主任医师，擅长中医正骨手法、脊柱微创及关节置换。

黄秋云（已退休）：主任药师，全国名老中医药专家，擅长中药制剂研发与中医药适宜技术推广。

黄小宾：肛肠科主任、主任医师，擅长复杂性肛瘘、痔病微创治疗及盆底功能障碍诊治。

林永忠：心病科主任、主任医师，擅长冠心病、心律失常及慢性心衰中西医结合诊治。

陈小芳：肺病科主任、主任医师，擅长慢阻肺、哮喘及肺间质病诊治。

陈武：肿瘤科主任、主任医师，擅长中西医结合治疗消化道肿瘤、肺癌及乳腺癌。

三甲中医医院建设：1947年建院，2012年通过三级甲等中医医院评审，成为福州市属唯一的三甲中医医院。

五四北院区启用：2024年五四北院区正式开诊，形成鼓楼+五四北"一院两区"格局，总床位扩至1000张，服务晋安、鼓楼及五四北百万人口。

重点专科建设：拥有国家中医药管理局重点专科4个（妇科、脾胃病科、针灸科、护理学），福建省中医重点专科8个，中医专科集群规模居福州市前列。

中医药传承创新：作为福州市中医药适宜技术推广基地，承担基层中医人员培训及社区中医馆技术指导；黄秋云名老中医工作室开展中药制剂研发，院内制剂"紫草油""金黄散"等应用广泛。

荣誉表彰：先后获"全国文明单位""全国卫生系统先进集体""福建省文明单位""福州市中医药工作先进集体"等荣誉。