始建于1952年10月，是北京市卫生健康委员会直属的市级公共卫生机构、结核病定点医疗机构和全市结核病防治业务的指导与研究中心，同时是首都医科大学教学基地、出国人员肺结核诊断结果鉴定及境外输入肺结核患者诊断治疗定点机构。

机构级别：三级甲等结核病专科防治机构（专科疾病防治院/所/中心）。

地址：北京市西城区新街口东光胡同5号（西直门内大街路北西章胡同内）。

集结核病预防、医疗、教学、科研于一体，协助市卫健委制定全市结核病防治规划、计划、技术方案并组织实施。

承担北京市结核病疫情监测与处置、肺结核及疑似患者与密切接触者流行病学调查筛查、重点人群主动筛查、卡介苗接种严重不良反应诊断处理、全市抗结核免费药品管理与发放。

开展分枝杆菌耐药性检测与分型、对全市结核病实验室进行技术指导和质控，组织全市结防培训、督导检查与考核评价。

临床门诊设结核病科、内科、儿科、骨科（骨结核）、卡介苗科、预防科及放射科、细菌检验中心等，规范开展肺结核可疑患者的临床、实验室诊断和鉴别诊断。

防控科：负责全市16个区县结防机构业务指导、卡介苗接种及质量监测、疫情处置与健康教育。

结核病科/内科：核心临床科室，开展肺结核、结核性胸膜炎、淋巴结核等诊断治疗及耐药结核病个体化方案制定。

中心实验室：开展结核菌培养、药敏试验、分子生物学快速检测（GeneXpert等）、分枝杆菌分型及全市实验室质控。

儿童结核病/卡介苗科：承担儿童结核病诊疗及卡介苗接种不良反应处置。

骨结核/骨科：开展脊柱结核、关节结核等肺外结核诊治。

据北京市卫健委2020年度部门决算公开信息：北京结核病控制研究所事业编制125人，实有人数82人。

屠德华：原所长、教授，知名结核病控制与临床专家，长期从事结核病化学疗法及肺部疾病诊断，为全国防痨领域资深专家。

张立兴：教授，著名结核病学专家，早年参与并推动全国DOTS策略实施。

阚冠卿：教授，全球著名结核病学专家，1978年率团队在全国率先应用DOTS策略。

罗萍：门诊部主任、主任医师，擅长结核病及耐药结核病诊治，获"全国巾帼建功标兵"等荣誉。

李波：门诊部副主任、主任医师，从事结核病防治工作28年，擅长耐药结核病治疗方案确定、卡介苗不良反应处置及学校结核病疫情处置。

安燕生：主任医师，擅长肺结核病、淋巴结核及肺部其他疾病诊断治疗。

刘东来：副主任医师，擅长肺结核、结核性胸膜炎、淋巴结核及其他肺部疾病诊治。

刘剑君：副主任医师，擅长结核病内科治疗。

吴启秋：知名骨结核专家，擅长脊柱结核、肩/膝/髋/骶髂关节结核等肺外结核诊治。

率先应用DOTS策略：1978年在阚冠卿、张立兴教授带领下，于全国率先应用WHO推广的医务人员直接督导下短程化学疗法（DOTS），坚持对确诊患者实行不住院全程督导化疗，新发肺结核病人治愈率达95%以上，大幅减少复治、难治和耐药菌产生。

国际奖项：1994年获国际肺结核和肺部疾病联合会（IUATLD）颁发的"费郎兹·雷德克大奖"。

疫情防控成效：经持续努力，北京市肺结核病疫情长期保持全国最低水平，达到世界发达国家同类城市水平，多次被评为全国及北京市医疗卫生先进单位。

行业贡献：承担全市婴幼儿卡介苗预防接种和结核病学实验室质量监测控制工作；参与国家结核病相关规范、指南制定；承担国家"传染病重大专项"等课题；为全市培训大批防痨人才。