前身为1958年成立的中国医学科学院儿科研究所（新中国第一家儿科医学研究所），1986年正式建院，2025年更名为首都医科大学附属首都儿童医学中心，实行"所院一体"管理体制，为三级甲等儿童专科医院，是首都医科大学第二儿科医学院。

院区位于北京市朝阳区雅宝路2号，编制床位400张，开放床位600张。

集医疗、教学、科研、预防为一体，设39个临床科室、7个医技科室。

2024年门诊量约275万人次，出院4.9万人次，住院手术1.3万余例。

2025年新设胎儿医学中心、医学体重管理中心、变态反应中心、睡眠医学中心、认知诊疗中心五大多学科临床诊疗中心。

国家临床重点专科：呼吸内科、重症医学科（PICU）。

全国小儿微创外科治疗中心：普外科（含新生儿外科）在胆道闭锁、先天性膈疝、肛门闭锁等疾病诊疗方面具有较强实力。

国家新生儿保健特色专科建设单位：新生儿内科。

特色优势专科：儿童保健中心（被誉为中国儿童保健标准与规范的"策源地"）、变态反应科、小儿泌尿外科、小儿神经外科、小儿骨科、血管瘤及介入血管中心、心血管内科（儿童心律失常射频消融及起搏器植入）。

据北京市人民政府公开招聘公告所载官方信息：所院现有职工2057人，其中高级职称专家346名，研究生导师88名（博导20名）。

李龙：普外科主任医师、教授、博导，国内小儿腹腔镜微创外科开拓者，擅长先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、肛门闭锁、小儿肝移植等复杂手术。

马立霜：普外科主任医师、博导，新生儿外科首席专家，擅长先天性膈疝、食管闭锁、脐膨出等先天畸形的产前评估与生后微创治疗。

刘传合：变态反应科主任医师、博导，擅长儿童哮喘、过敏性鼻炎、食物过敏等变态反应性疾病诊治。

陈晓波：内分泌科主任医师、硕导，擅长矮小症、性早熟、儿童糖尿病、甲状腺疾病等。

江河：心血管内科主任医师，擅长儿童心律失常射频消融、起搏器植入及心肌病诊治。

申刚：血管瘤及介入血管中心主任医师，国内首家血管瘤及介入血管中心创始人，擅长血管瘤、淋巴管瘤及血管畸形介入治疗。

黄荣妍：呼吸内科主任医师，擅长儿童哮喘、慢性咳嗽、反复呼吸道感染、间质性肺疾病。

赖建铭：风湿免疫科主任医师，擅长儿童系统性红斑狼疮、幼年特发性关节炎、川崎病。

王立文：神经内科主任医师，擅长儿童癫痫、抽动障碍、注意缺陷多动障碍、孤独症的诊治。

孙吉萍：消化内科主任医师，擅长小儿腹泻、慢性胃炎、幽门螺杆菌感染、便秘、便血等。

华夏医学科技奖（2025）：普外科李龙团队"先天肛肠畸形新理论与精准诊疗体系建立及应用"获科学技术奖二等奖；病毒学研究室赵林清团队"我国儿童重大病毒性疾病诊疗新技术的建立和推广"获三等奖。

临床技术突破：普通外科在大龄（>90天）胆道闭锁葛西手术研究中实现62.5%患儿成功退黄并保有自体肝生存；马立霜团队国际上首次采用微创腔镜技术完成食管植入物替代食管修复动物实验，为先天性食管闭锁治疗提供新路径。

儿童保健标准制定：自1975年起主导制定我国儿童体格生长、智能发育、营养喂养、心理行为及养育照护等多维度临床指南与行业标准。

病毒学研究：在国内首次发现人偏肺病毒、人博卡病毒，建立儿科常见及新发病毒诊断技术平台。

平台建设：参与共建"耐药病原体研究与智能防控北京市重点实验室""基于胎儿影像多模态融合的智能系统研发与转化北京市重点实验室"。