始建于1952年，原名北京苏联红十字医院，是新中国成立后党和政府建立的第一所大型综合性医院；1957年苏方移交我国，1970年周恩来总理亲自命名为"北京友谊医院"。

医院级别：三级甲等综合医院，北京市属公立医院，首都医科大学第二临床医学院，国家消化系统疾病临床医学研究中心依托单位，消化健康全国重点实验室依托单位，国家中西医协同"旗舰"医院试点单位。

形成西城院区（西城区永安路95号）、通州院区（通州区潞苑东路101号院）、顺义院区（顺义区友谊南街1号）及城市副中心行政办公区门诊部"三区一部"发展格局，编制床位3306张。

集医疗、教学、科研、预防、保健于一体，设消化中心、普外中心、泌尿中心、心血管中心、神经中心、肝病中心、血液内科、呼吸内科、内分泌科、风湿免疫科、感染内科、重症医学科、急诊科、妇产科、儿科、骨科、胸外科、神经外科、麻醉科、放射科、放疗科、检验科、病理科、超声科、核医学科等50余个临床及医技科室。

年门诊量超400万人次，年出院患者约12万人次，是北京市首批基本医疗保险A类定点医疗机构，承担干部保健及外宾医疗任务。

专业特色包括消化和泌尿系统疾病诊治，肝、肾移植，热带病和寄生虫诊治，中西医结合，以及临床影像诊断和介入治疗等。

消化内科（国家消化系统疾病临床医学研究中心）：国家重点（培育）学科，在食管、胃肠及肝胆胰腺疾病内镜介入诊疗方面具特色，消化内镜中心曾获世界内镜组织"全球最佳内镜中心"相关荣誉。

普外科：国家临床重点专科，含肝胆胰外科、肝脏移植外科、胃肠外科、甲状腺乳腺外科、减重与代谢外科等亚专科，开展腹腔镜及机器人辅助微创手术。

泌尿中心：北京市重点学科，肾移植为品牌专业，累计完成肾移植近5000例，数量、质量及开展的新技术均位居全国前列，同时开展泌尿系肿瘤、结石微创治疗。

肝病中心与感染内科：在肝纤维化、门脉高压、肝炎及终末期肝病诊治方面有特色，贾继东、尤红等为学科带头人。

血液内科：以噬血细胞综合征（HLH）及淋巴组织细胞疾病为特色，为全国较大的HLH诊治及异基因造血干细胞移植中心之一。

热带医学（地方病科）：医院特色专科，在寄生虫病及热带病诊治方面有特色。

医学影像科：王振常院士团队在放射诊断学、智能影像和高性能CT/MR设备研发等方面具特色。

此外神经内科（国家重点学科）、重症医学科、检验科、病理科、老年医学等均为国家临床重点专科。

现有职工约6200人，其中高级专业技术人员848人，博士生导师、硕士生导师261人，中国工程院院士1人，北京学者3人，国家级和北京市级专业委员会主委、副主委及核心期刊主编、副主编95人。

据2025年度单位预算信息，事业编制5789人，实有人数3582人，离退休人员1435人。

张澍田：院长，消化中心主任，主任医师、博导，知名消化病学及消化内镜学专家，中华医学会消化内镜学分会相关学协会任职。

王振常：中国工程院院士，医学影像专家，擅长放射诊断学、智能影像及高性能CT/MR设备研发。

贾继东：肝病中心主任医师、博导，知名肝病及门脉高压专家。

张忠涛：副院长，普外科主任，主任医师、博导，擅长胃肠及肝胆外科微创手术、代谢/减重手术。

朱志军：肝脏移植分中心主任，擅长肝脏移植及移植免疫。

尤红：副院长，肝病中心主任医师，擅长肝纤维化临床诊治及基础研究。

李鹏：副院长，消化分中心副主任，擅长消化道早癌系统诊治及内镜治疗。

吴静：消化分中心首席专家，擅长消化道肿瘤及炎症性肠病诊治、消化道早癌内镜诊治。

宋现涛：副院长兼心血管中心主任、心内科主任，擅长复杂高危冠心病介入诊断与治疗。

吕富靖：消化内科主任医师、博导，擅长ERCP、ESD、EUS等消化内镜微创治疗。

任翊：感染内科主任医师，擅长热带病、传染病、寄生虫病诊治。

2014年获批国家消化系统疾病临床医学研究中心，2023年获批消化健康全国重点实验室，国家三级公立医院绩效考核保持A+序列，28个学科科技量值（STEM）排名全国前100。

王振常院士团队研发世界首台微米级耳科CT、多模态头颈部影像AI数据库入选国家级人工智能医疗器械创新任务揭榜挂帅项目；李鹏教授团队牵头高端医疗装备推广应用项目（高清智慧电子胃肠内窥镜系统）。

完成北京地区首例Prizvalve球扩式主动脉瓣置入手术，开展国内领先的肾移植、肝移植及腹腔镜根治性膀胱切除加体腔内原位膀胱重建术等。

医院曾获全国脱贫攻坚先进集体（2021年）、全国先进基层党组织、全国模范职工之家等荣誉；中西医协同"旗舰"医院建设工作入选国家中医药管理局全国首批典型案例。

牵头制定《冠状动脉扩张症诊断和治疗专家共识》，在Nature Communications等期刊发表高水平研究成果。